本实用新型提供了一种微生物燃料电池净化装置,包括装置本体,所述装置本体上安装有控制模块、数据采集器、负载、第一放绳机构和第二放绳机构;所述第一放绳机构连接不锈钢网载的超级电容器活性碳阳极,所述第二放绳机构连接生物阴极,所述活性碳阳极与所述生物阴极之间连接并联的所述控制模块、数据采集器和负载,同时所述控制模块和数据采集器配有电源模块,所述装置本体下方设有泡沫块。本实用新型所述控制模块控制所述第一放绳机构和第二放绳机构把所述活性碳阳极与所述生物阴极放入湖泊或者河流中,通过所述活性碳阳极与所述生物阴极的作用时湖泊或者河流中的水质得到净化。